Áreas de resguardo de los recursos hidrobiológicos, con el objeto de proteger zonas de reproducción, caladeros de pesca y áreas de repoblamiento por manejo. Estas reservas podrán establecerse en la franja del mar territorial de cinco millas marinas medidas desde las líneas de base normales a partir del límite norte de la República y hasta el paralelo 41º28,6' de Latitud Sur, alrededor de las islas oceánicas, en las aguas situadas al interior de la línea de base del mar territorial y en aguas terrestres.
Se han declarado cuatro Santuarios de la Naturaleza que involucran especies hidrobiológicas; a saber:
- Isla Cachagua (32º34' S), para proteger colonias de pingüinos de Humblodt y lobos marinos
- Islote Iglesia de Piedra en Cobquecura (36º07' S), para proteger colonias de lobos marinos;
- Carlos Anwandter , para proteger Humedal asociado al Río Cruces (39º57' S) (Sitio Ramsar además) y
- Estero de Quitralco, santuario que comprende las aguas, islas y playas de dicho Estero, delimitadas por una línea imaginaria que va de norte a sur entre Punta Lynch y el extremo sur de la barra del río Huemules (44º16' S), en la Comuna de Aysén.
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