Con la promulgación de la Política Nacional de Acuicultura, mediante D.S. 125 de 2003, se crea la Comisión Nacional de Acuicultura, asesora de la Presidenta de la República e integrada por las instituciones públicas y organizaciones privadas relacionadas con el desarrollo de la actividad. Esta Comisión debe proponer las acciones que impulsen la Política Nacional de Acuicultura, definiendo responsabilidades y plazos.
La Comisión es presidida por el Ministro de Economía y está integrado por el Subsecretario de Pesca y representantes de Subsecretaría de Marina, Subsecretaría de Desarrollo Regional, Servicio Nacional de Pesca, Dirección General del Territorio Marítimo y Marina Mercante, Comisión Nacional del Medio Ambiente, Ministerio de Salud, Ministerio de Relaciones Exteriores, Comisión Nacional de Investigación, Ciencia y Tecnología; Corporación de Fomento para la Producción, Instituto de Fomento Pesquero, Consejo de Rectores (investigador en acuicultura) y 7 representantes de asociaciones de productores de especies acuáticas cultivadas, legalmente constituidas, designadas por el Presidente de la República. Las asociaciones de productores que forman parte de la Comisión son: Asociación de Mitilicultores de Chiloé, Asociación de la Industria del Salmón de Chile, Asociación de Productores de Ostras y Ostiones de Chile, Asociación de Productores de Abalones, Asoc. Industriales Pesqueros y Cultivadores Marinos IIIª Región, Confederación de Pescadores Artesanales de Chile (CONFEPACH) y Confederación Nacional de Pescadores Artesanales de Chile (CONAPACH).
La Secretaría Ejecutiva de la Comisión se encuentra radicada en el Departamento de Acuicultura de la Subsecretaría de Pesca.
La Comisión se constituyó en enero del año 2004 y a la fecha ha centrado su labor en el trabajo de subcomisiones abocadas al desarrollo de las siguientes tareas prioritarias definidas en el D.S. 125 de 2003:
1. Zonificación y Areas Apropiadas para el ejercicio de la Acuicultura (A.A.A.)
2. Estatuto de acuicultura de pequeña escala.
3. Caducidad y patentes (actividad concluida con la promulgación de la Ley 20.091).
4. Simplificación y descentralización.
5. Fiscalización ambiental y sanitaria.
Adicionalmente la Comisión consideró pertinente la creación de una subcomisión relacionada con Investigación y Estudios en acuicultura.
La Comisión sesiona tres veces durante el año e intersesionalmente trabaja mediante subcomisiones en zona norte (Caldera-Coquimbo) y zona sur (Puerto Montt), con el objetivo de dar énfasis local a los análisis de cada una de las temáticas planteadas.
Por otra parte, es decisión de la Comisión dar transparencia al trabajo realizado, motivo por lo cual pone a disposición de la comunidad copia de las actas de sus sesiones donde se informa respecto a las metas de cada período y los avances de las mismas.