El programa corresponde a un conjunto de observaciones sistemáticas en el tiempo y áreas geográficas determinadas, de los recursos y sus ecosistemas, cuyo análisis permite conocer su estado, patrones y tendencias.

Asimismo, tal programa comprenderá la investigación y el monitoreo de las condiciones oceanográficas, ambientales y sanitarias apropiadas para el ejercicio sustentable de la acuicultura. Los resultados de la ejecución del programa de investigación será la base de la asesoría científica en el que se fundamentan las medidas de administración y conservación, así como en general, el proceso de toma de decisiones para la actividad pesquera extractiva y de acuicultura.