De acuerdo a lo establecido en la Ley General de Pesca y Acuicultura, la Subsecretaría de Pesca y Acuicultura elabora anualmente el Programa de Investigación para la regulación de la pesca y acuicultura. Dentro de este programa se encuentra integrado el programa anual de proyectos del Fondo de Investigación Pesquera y de Acuicultura. Para el año 2018, el programa fue aprobado a través de Resolución Exenta N° 4346 del 20 de diciembre de 2017.
