La actividad se caracteriza porque diversas instituciones estatales cumplen diferentes tareas respecto de ella, siendo las principales: la Subsecretaría de Pesca y Acuicultura, que regula la actividad y establece las condiciones técnicas bajo las cuales puede realizarse; la Subsecretaría para las Fuerzas Armadas, otorga la concesiones de acuicultura y dicta las áreas apropiadas para su ejercicio; el Servicio de Evaluación Ambiental, que junto a las comisiones de evaluación, participa en la evaluación ambiental de los proyectos; mientras que el Servicio Nacional de Pesca y Acuicultura y la Dirección General del Territorio Marítimo ejercen las labores de fiscalización.

Nueva Normativa Acuícola

La nueva normativa de acuicultura, implementada a partir del año 2009 y cuya mayor transformación se operó a través de la Ley N° 20.434 del año 2010, realizó cambios en el modelo productivo para hacerlo sustentable:

• Se coordinó la operación de agrupaciones de concesiones como una medida sanitaria, de modo que todos los centros de cultivo descansen al mismo tiempo y así se disminuyan los riesgos de enfermedades.
• Se ajustaron los indicadores ambientales, haciéndolos más exigentes y preventivos de situaciones indeseadas.
• Se prohibió la nueva siembra de peces, o continuar la operación sobre otros cultivos, cuando se obtienen informes ambientales negativos acerca de las condiciones del centro. Solo puede volverse a la operación cuando se comprueba que se han recuperado las condiciones de operación.
• Se estableció una densidad de cultivo (biomasa por m3) para los centros de salmones, de modo de prevenir eventos sanitarios indeseados. Actualmente el nuevo reglamento sanitario establece que se fijará una densidad de cultivo que será compartida por todos los centros que conforman una misma agrupación, de modo que el mal desempeño ambiental y sanitario en un sector impedirá aumentar la producción a todos los centros que se ubican en él.
• Se entrega al Estado la elaboración de los informes de seguimiento de las condiciones ambientales de los centros de cultivo, de modo de asegurar que se contratarán terceros independientes, no vinculados a la industria, para realizar los muestreos y los informes.
• Se fortaleció la normativa sobre uso de fármacos y las sanciones por el mal uso.
• Se fortaleció la normativa sobre seguridad de las estructuras de cultivo para prevenir los escapes y el desprendimiento de las especies en cultivo, cambiando el enfoque de mitigación a uno precautorio. Asimismo, se hicieron más drásticas las sanciones por no adoptar las condiciones de seguridad que propician el escape o el desprendimiento de especies presumiendo la responsabilidad del acuicultor en tales casos.
• Se crearon macro zonas como un instrumento de contención de las enfermedades, lo que implica restricciones de transporte en momentos de brotes de enfermedad.
• Se limitó a 25 años el tiempo por el cual se otorgan las concesiones de acuicultura, pudiendo renovarse. En caso que la mitad de los informes ambientales del período sean negativos, no podrá renovarse la concesión.
• Se fortalecieron los programas de monitoreo de enfermedades y se dictaron los programas de control de ISA, SRS y de caligus, principales enfermedades que hoy afectan a la industria de salmones.
• Se fortalecieron las facultades de fiscalización de los centros de cultivo y de los prestadores de servicios, cuya actividad incide en el desempeño ambiental y sanitario de la industria.
• Se fortalecieron  las normativa sobre importación de especies hidrobiológicas, incorporando el análisis de riesgo como instrumento esencial de las decisiones, todo de conformidad con las directrices de la OIE.

Además, la última modificación a la LGPA, Ley N° 20.657 incorporó los siguientes puntos:

• Se modificó el trámite de las transferencias, arriendos y otros contratos sobre concesiones mediante un proceso más ágil y transparente, a través de un registro en línea, público y gratuito, el que se traspasa desde la Subsecretaría para las Fuerzas Armadas a la Subsecretaría de Pesca y Acuicultura.
• Se cerró  el acceso a nuevas concesiones de mitílidos en la Región de Los Lagos para ordenar ese subsector de la acuicultura.Se perfeccionaron las infracciones referidas a la entrega de información sobre desempeño sanitario por parte de los acuicultores.