El programa de investigación se elabora de acuerdo a lo señalado en el Título VII, Artículo 91, de la Ley General de Pesca y Acuicultura.
Según esto para la elaboración del programa, la Subsecretaría de Pesca y Acuicultura, podrá requerir propuestas de investigación a los Consejos Nacional y Zonales de Pesca y a la Comisión Nacional de Acuicultura, al Instituto de Fomento Pesquero y a los Comités Científicos Técnicos. Este requerimiento se efectuará en el mes de enero del año anterior en que deba regir el programa y los organismos requeridos tendrán hasta el 31 de marzo para enviar sus propuestas. Con la información obtenida, la Subsecretaría elaborará el programa de investigación priorizado, aprobándolo mediante Resolución y será publicado en su página de dominio electrónico.
Dentro de programa antes definido, hay proyectos de investigación básica o permanente para la regulación pesquera y de acuicultura, que serán efectuados por el Instituto de Fomento Pesquero, y otros proyectos cuyo propósito es proveer información para la administración sectorial, que será gestionada por el FIPA.
